水下考古工作最大的难题是保护文物。相信大家在前段时间已经听说了在我国的南海区域找到了两艘明朝时期的沉船，其中搭载了上万件文物，只不过现在并没有进行开采，就是因为我国的考古工作，尤其是水下考古工作的技术还并不是那么的成熟，现在能做的只是利用现代科技把这个沉船的位置给标注清楚，并且查看一下到底有什么样的文物。
水下考古
这个消息出来之后也是让人们燃起了对于水下考古十分浓厚的兴趣，毕竟我们之前所见到的大多数文物都是埋葬在地下的，这些古墓哪怕是他们埋葬的比较深，对于考古工作者来说也是脚踏实地的，并且也可以利用到挖掘机起重机等等现代化器具，可是到了水下1500m的深海，能够利用到的工具就相对比较少了。
考古难题
有专业的考古工作者认为水下考古只要超过30m就是一个难题，因为想要在水下考古，那么必须要使用的就是潜艇之类的现代化工具，而这样的工具相对来说比较少使用的费用也很高，容错率也相对小了很多，所以现在的考古专家们正在想别的办法，看看是否能够有着更加便捷，投入更小的方式来对于水下的文物进行研究。不过应该还需要等待挺长时间才能够研究完成。
文物保护
之所以这么小心翼翼，就是对于考古专家以及所有的考古工作人员来说，最重要的并不是把这些文物给打捞出来，而是要保存原有的遗址。以及让这些文物得到最好的保存，一旦出现在水面之上，不知道这些文物会不会有什么损坏，还有就是当前的考古工作能力并不是那么强，一旦发生了什么工作上的失误，损坏了部分的文物，也是让人十分惋惜的。
