目前乘船进入南极在南极旅游中占据绝对主导地位。根据国际南极旅游组织协会发布的报告，在南极半岛，传统的商业船载旅游上岸量占全部上岸量的95%以上。大量大小客船、游艇涌入南极地区，在航行过程中必然会排放大量有害气体、废水和固体废弃物，对海洋环境造成极大威胁。此外南极海域航行条件恶劣，冰山、浮冰随处可见，对船舶在冰区的航行能力要求很高。但是并不是所有的船舶都有抗冰能力，容易发生碰撞事故，进而引发溢油事故，这对于自净能力较低的南极来说是一个重大的灾难性事故。
例如1989年，“巴哈亚·帕莱索”号触礁，2007年，“发现”号与冰山相撞。这两起事故造成大量原油泄漏，严重破坏了当地生物的栖息地，造成大量动植物死亡。受天气影响，南极旅游活动一般集中在极地夏季，游客数量一般在1月和2月达到高峰。此时正是南极地区一些动物的繁殖期，大量游客的到来很可能会惊吓到它们，降低它们的繁殖能力。最典型的例子就是阿德莱德企鹅。人类的近距离访问降低了种群的孵化率。短短几年间，阿德莱德企鹅的数量大大减少。
在乔治王岛，游客数量的不断增加和活动范围的不断扩大，大大减少了南方巨型鳜鱼的栖息地空间。南方鳜鱼是当地的一种敏感鸟类，受人类活动的影响，其种群数量迅速下降。
南极洲保留着最原始的地貌特征，各种地貌都是在特定的环境中经过数万年的演变形成的，不仅具有审美价值，还具有科学价值和生态价值。
就整个南极地区而言，南极旅游的影响似乎可以忽略不计，但是南极旅游的一个重要特点就是地点非常集中。对于这些地方来说，南极旅游活动的影响非常显著。
