到了1945年8月,哈利试图通过在钚芯周围以递增的方式堆叠一组碳化钨砖来手动建造一个中子反射器。当他把最后一块砖移到组件上时,中子计数器发出警报,加上这块砖会使系统超临界。当哈利看到警报时,他收集了碳化钨砖,但当他停下来时,他不小心将砖掉进了钚球的中心。由于这次事故,整个反应瞬间进入紧急临界状态,导致临界事故。当然,哈利没有惊慌。他马上去砸砖堆想把它砸下来,但是没有成功。
所以他不得不手动拆除碳化钨堆来停止反应。因为整个实验只有他一个人,陪同的只有一名保安和一名列兵,所以事故发生时没有其他研究人员的帮助。受到超高剂量核辐射的哈里在住院期间逐渐陷入昏迷,严重的辐射中毒症状开始出现。他的手开始起泡和烧伤,大剂量的辐射开始阻止他的DNA合成。25天后,哈里·达格利安成为第一个死于临界事故的人。
该事件被报告给美国军方后,该项目的安全法规得到了更新,并成立了一个特别委员会来审查实验的安全程序。同时,要求这样的实验应该由两个或更多的人进行。