事实上,撒哈拉之眼的构成不同于其他“类似”的地质构造,除了其结构性能。在撒哈拉眼的圆形中心,沉积岩是该结构的主要组成部分;在撒哈拉眼的边缘,其岩石多为奥陶纪砂岩。不同时期的岩石出现在同一个区域,显然不能用撞击来解释。单从这一点来看,撒哈拉眼与陨石撞击坑完全不同。不仅如此,在地球46亿年的演化过程中,实际上由于地球本身变化的影响,绝大多数特殊的地质地貌结构都发生了不同程度的变化。
即使是一些真正由地外陨石撞击造成的地貌,最终也会在地球运动的过程中发生变化。进入20世纪后,随着社会和工业的发展,地质学有了很大的突破。特别是20世纪50年代以来,世界范围内兴起了一场大规模的地质勘探和调查运动,地质研究越来越深入,许多错误认识被一一纠正。
科学家经过多次实地勘探和资料分析,最终得出结论:撒哈拉眼是在地形抬升和地貌侵蚀的共同作用下形成的。早在几十万年前,在地质运动的影响下,撒哈拉沙漠下的岩石逐渐隆起,从沙里露出来。