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新石器时代距今约一万年，从这个时期开始，人类生产力显着提高。 各种规模化的农业，各种动物的驯化，巨石建筑的建造，以及更精细的工具制作表现，这个时期已经有打磨过的石器。但是古生物学家和历史学家的研究发现了一件奇怪的事情。 从7000年前，到新石器时代发展后的2000年，Y染色体的多样性突然下降。 化石证据表明，这些变化主要发生在非洲、亚洲和欧洲大陆。
尽管人类已经进化成世界上最强大的物种，但我们已经失去了很多 DNA。 据统计分析，人类在进化过程中丢失了4070万个碱基对。 Y染色体的突然下降也解释了为什么今天大多数人99.9%的基因相同。 由于新石器时代的这种变化，科学家们将其称为“Y染色体瓶颈”。这意味着人类基因的遗传多样性不如其他物种丰富，大家都知道生物遗传多样性的重要性。 困扰科学家的不仅仅是 Y 染色体瓶颈，这种缺失只影响男性。
对此美国斯坦福大学的科研团队对这一系列问题进行了详细的研究，并对此类问题做出了合理的假设。考虑到在人类群体中，遗传变异的变化不仅是由遗传过程本身驱动的，还可能包括社会变化和文化突变。 研究小组将人类学理论与最近的人口基因组研究和数学模型相结合，提出了一个社会文化假设。
研究小组首先使用了Y染色体序列的数据模型，他们认为基因组数据和统计方法可以扩大遗传信息分析的范围。 Y染色体来自现代人类，选取了125条Y染色体序列作为样本。经过统计分析和模型构建，数据表明旧大陆各个地理区域的Y染色体存在严重瓶颈。 这意味着新石器时代男性的有效人口规模下降到原来水平的二十分之一，随着新石器时代人口的不断增加，这一差距不断扩大。 男女之间的性别差异巨大，欧洲对现代人类 Y 染色体的研究证实了这一瓶颈。
