蚩尤原本是和炎黄齐名的历史人物，然而，受到成王败寇的著史观影响，历代史书对蚩尤的评价和定位都存在一定的污名化，把蚩尤说成是不守天道、残暴无情的叛逆者。
就连隔壁的日本也深受中华文化的影响。在古代日本的宫廷中传承有九月结射仪式，对此，日本史书解释说是因为“蚩尤与黄帝争天下。蚩尤铜头铁身、战阪泉野、弓刃不能害其身……故岁首射其灵、以镇国家”。
事实上，炎黄、蚩尤所生存的新石器时代晚期，为了部族利益而爆发冲突，是文明前夜的常态，并没有所谓“正义”与“邪恶”的区分。
我们今天所说的黎民百姓，无论是“黎民”还是“百姓”都泛指普通民众，追根溯源，“黎民”正是来自于蚩尤的九黎部落，这也说明炎黄和蚩尤的大战，最终的结果是促进了上古时期不同血缘氏族间的民族融合。
但正如上文所说的那样，由于历史观的原因，炎帝和黄帝被确立为了华夏共祖，而同样作为远古英雄人物的蚩尤却被排除在外。
当然，只有一个族群除外，这个族群就是苗族。
苗族，古称三苗、有苗，分布于我国的贵州、湖北、湖南、四川、云南等南方特别是西南地区，其中仅贵州一省就生活着全国50%以上的苗族人口。
而无论是湘西、黔东还是湖北咸宁的苗族同胞，均对蚩尤推崇备至，尊蚩尤为“尤祖公”或“格蚩爷老”。云南苗族服饰中至今还保留着“蚩尤旗”，贵州西北的苗族妇女还会佩戴“蚩尤冠”。
苗族史诗《格蚩爷老歌》《湘普相娘歌》和《苗族古歌·跋山涉水》为我们梳理了一个相对清晰的历史脉络，即“苗族的祖先叫剖尤（意为尤祖公），从前居住在大河（黄河）边。后来老天爷心眼坏了，偏袒黄赤二龙。格蚩爷老被杀，余族被迫南迁到大江（长江）边”。
炎帝、黄帝、蚩尤三祖，除了炎帝的祖籍相对明确，是在陕西渭河流域一带（姜水）外，黄帝和蚩尤的祖籍都无明确记载。不过，黄帝、蚩尤族群的主要活动地，却并无太大争议。
据《帝王世纪》《水经注》《括地志》等史书记载，“黄帝都有熊，今河南新郑是也”。那么蚩尤在哪呢？《逸周书》曾有记载，“命蚩尤宇于少昊（皞）”，也就是蚩尤的聚居地在少皞的地盘。少皞的地望历来没有争议，主要在今天的山东省一带。
无独有偶，历来关于蚩尤墓的传说，也有蚩尤“首级冢”位于山东寿张，而蚩尤“肩髀冢”则位于山东巨野。说明蚩尤的活动区域的确在鲁西、豫北、冀南一带。
史书的记载也得到了考古学和分子人类学的验证。
从考古发现来看，我国农业诞生于公元前8000年左右，到公元前5000年前后，随着农业的发展，出现了稳定的聚落群和制陶工艺，也就是仰韶文化初兴之时。在史书记载的炎帝活动区域—关中西部以岐山、武功为中心的渭水一带，考古工作者发现了仰韶文化的半坡类型。
首先，半坡类型文化的分布范围与史书记载的炎帝活动地域吻合；而在时空框架上，仰韶文化自公元前5000年至前3000年前后持续2000余年，是中国诞生原始农业、开始制作陶器定居生活的关键时期，也和炎帝始教天下种谷，七十世而有天下吻合。
其次，炎帝又叫赤帝，尚红，为火师，姜姓。而仰韶文化恰恰就是“红陶文化”，半坡类型遗址中不仅发现了以泥红陶制作的陶器，而且还在聚落房址灶坑旁出土了用于保存火种的陶罐。
第三，半坡类型文化被同出于仰韶文化的庙底沟类型全面取代，时间节点刚好是在公元前3000年左右。庙底沟类型起源地在河南三门峡，中心区域则囊括了河南郑州（有熊国），这里发现了后黄帝时代的双槐树遗址，被证实由庙底沟类型发展而来。
庙底沟类型有着半坡类型的影子，却最终反噬了半坡类型，影响和辐射范围西抵甘肃兰州，东达海岱地区，北至晋中和冀西北，南则抵达淮汉流域，跟史书记载的黄帝版图“东至于海……西至崆峒……南至江……北极荤粥，合符釜山，而邑于涿鹿之阿”高度吻合。
第四，在山东、河北、河南交界地带发现的仰韶文化后岗类型呈现出浓郁的半坡文化和山东大汶口文化融合特点，但在庙底沟类型崛起后，后岗类型几乎从华北平原消失。
如果我们把半坡类型看做是炎帝遗存，把庙底沟类型看作是黄帝遗存，把后岗类型看作是蚩尤遗存，那么在考古学范畴内，炎黄蚩尤同源，而黄帝先后击败炎帝和蚩尤，一统华夏，就形成一个闭环的证据链条。
需要指出的是，无论是炎帝、黄帝、还是蚩尤，都并非某一个人，而是一个部族首领的共同称谓，如此方能解释三祖之间的战争与融合能持续上千年之久。
分子人类学的研究成果，也再次印证了考古学的结论。
分子人类学，我们可以通俗而简单地理解为DNA检测，分为Y染色体（追溯男性先祖）和线粒体DNA（追溯女性先祖）。一般来讲，只要样本没有污染，从古人类样本里提取的DNA追根溯源几乎不会存在误差，换言之，DNA是不会骗人的。
而根据李辉和金力的研究显示，仰韶文化的创造主体，其Y染色体类型为O3a5—M134，其中渭河流域半坡类型的群体是M134的支系M117（姜姓在M117下游里面出现的频率远高于其他支系），而后岗类型的群体则是M134的另一个支系F444，而郑州西山的人骨标本Y染色体则属于M117和F444的下游支系，表明庙底沟人群（黄帝）的确是以后起之秀的身份反噬了半坡人群（炎帝）和后岗人群（蚩尤）。
分子人类学的研究结果同时也证实了炎黄同出于少典氏，而蚩尤部族出于炎帝支系的历史记载。
当然，这里还存在一个漏洞：即M117和F444以及他们的下游支系染色体只代表炎帝、黄帝、蚩尤三个族群主体同出一脉，并不代表统治阶层也就是君主的血缘也是如此。
因为纵观中外历史，王族是外族的并不鲜见。比如历史上的越国，主体是百越族群，他们的Y染色体类型为O1a-M119，但越王却是大禹（华夏族群）后裔，也就是属于M117、F444及其下游支系。
既然搞清楚了炎帝、黄帝、蚩尤的时间和空间框架，那么接下来我们就需要回答文章开篇的疑问：
生活在山东的蚩尤和河南的黄帝打了一仗，按说属于华夏集团的内战，那为什么战败的蚩尤会变成远在南方的三苗集团的祖先呢？
按照苗族口口相传的诗歌，他们的祖先原本是生活在黄河边的，只不过是被炎黄二龙击败，才不得不南下迁徙，先过长江，后往西南。
不过，考古发现和分子人类学却并不支持三苗从北向南迁徙说。
根据《战国策》记载的三苗活动范围“昔者三苗之居，左彭蠡之波，右有洞庭之水，文山在其南，而衡山在其北”，考古工作者在这里发现了屈家岭—石家河文化，年代为公元前3300年至公元前1900年。
从文化类型和时空分布判定，以江汉流域为中心的屈家岭及后续的石家河文化正是古苗民创造的史前文化。但屈家岭文化的前身是大溪文化（公元前4400至公元前3300年），也就是说，江汉流域的史前文化有着连续发展的文化系统，并无仰韶文化南下的影子。
不仅如此，按照分子人类学的研究，古苗民的Y染色体是M7，直到今天，这一染色体单倍群都是苗族同胞的典型特征，但并未发现M117甚至其上游M134单倍群，这表明从三苗时代直到现如今的苗族，都是自成一体连续发展的，没有华夏族群支系的影子。
那有没有可能蚩尤并非出于华夏族，而是出于东夷族呢？研究显示，东夷集团的Y染色体是O2a1b—002611，这一染色体同样是汉族的三大Y染色体之一，在山东相对高频，但在苗族群体中却并不突出。
换言之，苗族的祖先就是世居江汉平原的古三苗，与上古东夷、华夏两大集团三足鼎立，在公元前3000年左右黄帝蚩尤大战这个时代背景下，并无明显的基因交流。
那为什么蚩尤会成为苗族祖先呢？难道是苗族同胞认错了？
苗族对蚩尤的尊崇，已经植根于文化习俗和血脉记忆中，就连东汉的郑玄在给《礼记》注释的时候都提到“有苗、九黎之后”，所以，苗族认蚩尤为祖先，绝非是受外来文化影响的结果，而是出于自身认知和历史记忆。
当然，DNA检测是不会骗人的。虽然苗族主体和东夷以及华夏集团主体在考古学文化类型和Y染色体上都存在较大不同，但上文已述，上层贵族与下层主体平民之间族源不同的情况，并不鲜见。
湖北的考古发现，很好的解释了这个问题。
在湖北黄冈七里河的石家河时期文化墓葬中，考古工作者发现了用猪下颌骨随葬以及拔牙风俗。用猪下颌骨随葬和拔掉侧门内齿的习俗，最早源自山东一带的北辛文化，后来成为东夷集团的典型特征。
但石家河文化的前身大溪文化却并无这一葬俗，换言之，在古苗民创造的屈家岭—石家河考古学文化中，的确有来自东夷的群体，或者说是东夷化的北方群体。
为什么这么说呢？因为保留这一习俗的群体可能有两支：一支是少皞的东夷本族；另外一支则是“宇于少皞”的蚩尤九黎族，蚩尤的考古学遗存—仰韶文化后岗类型兼具了半坡文化和山东大汶口文化特征，所以墓葬呈现东夷习俗并不奇怪。
究竟是哪一支呢？在七里河遗址多座墓葬中，墓主头骨都已不见，显然是经历战争的结果，聚居在三苗文化圈内，却又丧失头颅，说明战争的双方正是战败南下的九黎和黄帝为首的华夏集团（黄帝族作战时有斩首风俗）。
但这个群体显然并非普通九黎民众，因为猪骨是财富的象征，同时兼具猪下颌骨随葬以及拔牙风俗的墓葬，只能是来自上层贵族甚至王族（即蚩尤直系部族）。这也解释了为何石家河时期出现了与石家河文化不同的墓葬习俗，且这种风俗仅在七里河等地发现，并未发展为整个三苗族群的习俗。
直到今天，拔牙风俗仍然只是在云贵川的少数民族之中出现，而并非是整个苗族的文化习俗，这也说明，的确有少量来自山东一带的上层文化群体融入到了苗族群体中，并且发挥了宗教祭祀影响力，以祖先神的姿态，将南下群体的祖先蚩尤尊为了所有苗人共同祖先。
