三星堆一直是个神秘无比的文明，无论是面像奇怪的青铜面具还是刻有神秘符号的鱼鸟金杖，都给人们带来了诸多谜团。专家们对三星堆文明进行了诸多研究，然而依然不能准确判断这个文明究竟是个怎样的文明，关于这个文明有着许多未解之谜。
三星堆文化和中原文化没有任何关联，曾有专家认为它是古蜀文化的一部分，后来证明三星堆文明和古蜀文化之间有一千多年的断层。人们确定的是三星堆文化是土著文化和外来文化彼此融合的产物，但究竟来自何方不知。
目前有氐羌说、濮人说、巴人说、东夷说、越人说等不同的说法，大多数学者都认为岷江上游的石棺葬文化和三星堆关系密切，故而主体居民可能是川西北及岷江上游的氐羌族。
三星堆当中的古蜀国是一个附属于中原王朝的部落军事联盟还是一个相对独立的已经建立起统一王朝的早期国家?它的宗教形态是自然崇拜、祖先崇拜还是神灵崇拜，或者都有?
三星堆出土的青铜器冶炼技术较之中原要高超许多，也要早许多。那么三星堆的冶炼技术和青铜文化是如何产生的，是独自发展起来的还是受到了外来文化的影响?
三星堆古蜀国何以产生，持续多久，又因为什么突然消亡?
出土上千件文物的两个坑属于什么年代什么性质，年代争论有商代说、商末周初说、西周说、春秋战国说等，性质有祭祀坑、墓葬陪葬坑、器物坑等不同看法。
第七谜则是晚期蜀文化的重大之谜“巴蜀图语”。三星堆出土的金杖等器物上的符号是文字?是族徽?是图画?还是某种宗教符号?可以说，如果解开“巴蜀图语”之谜，将极大促进三星堆未解之谜的破解
